Domaine : Sciences du vivant - Thématique(s) : Bio-informatique
Stages courts
UNIX/LINUX : Informatique pour la biologie (OBI1)
Le système Unix/Linux est un système d’exploitation dont la maîtrise est indispensable pour toute personne amenée à utiliser les logiciels de biologie et bio-informatique. Ce stage est une initiation à l’usage de ces outils.
PROGRAMME
- UNIX/Linux : le système Unix, les environnements et leurs configurations
(personnalisation), les outils UNIX. - Programmation système Unix : programmation de scripts bash, interpréteurs awk, application à l’enchaînement et à l’interfaçage de logiciels du domaine public et universitaire.
- Les expressions régulières : définition et utilisation dans le traitement de l’information biologique (awk, grep, sed). Application au traitement des entrées/ sorties des logiciels.
OBJECTIFS ET COMPÉTENCES VISÉES
- Le stagiaire s’initiera au traitement de l’information en biologie par l’utilisation du système Unix/Linux.
- Le stagiaire sera mis en situation d’utiliser des logiciels du domaine public et universitaire développés en biologie et bio-informatique, et de les interfacer de manière professionnelle grâce aux outils Unix.
PUBLIC VISÉ ET PRÉ-REQUIS
Public :
Biologistes (au sens large), techniciens, techniciennes, chercheurs, chercheuses ingénieurs, ingénieures.
Pré-requis :
Avoir une expérience minimale du travail sur ordinateur (bureautique
par exemple)
PROGRAMME
- UNIX/Linux : le système Unix, les environnements et leurs configurations
(personnalisation), les outils UNIX. - Programmation système Unix : programmation de scripts bash, interpréteurs awk, application à l’enchaînement et à l’interfaçage de logiciels du domaine public et universitaire.
- Les expressions régulières : définition et utilisation dans le traitement de l’information biologique (awk, grep, sed). Application au traitement des entrées/ sorties des logiciels.
Méthodes
- Le public sera composé des stagiaires en formation continue et doctorants (maximum 14 personnes au total).
- Les travaux pratiques sont encadrés par au moins deux enseignants.
Documents : Supports de cours PDF
Modalités d’évaluation
Certificat de réalisation
Débouchés
Cette formation permet aux participants de sécuriser leur parcours professionnel en leur donnant les compétences nécessaires pour accompagner les entreprises dans les enjeux liés à leur secteur d’activité et s’adapter aux évolutions technologiques associées.
Les + de la formation
- Formation conçue en cohérence avec les besoins identifiés sur le marché du travail
- Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants
- Corps professoral composé d’enseignants-chercheurs et auteurs de renommée internationale
Pour candidater
Responsable(s)
pédagogique
Informations
Catégorie de l’action de développement des compétences:
(Article L6313-1 du Code du Travail)
Action de formation
Effectifs : Min 1 pers. / Max 4 pers.Intégrés dans un groupe de 16 participants (doctorants, étudiants, stagiaires formation continue).
Possibilité de sessions sur-mesure ou INTRA entreprise. Contact : christine.mantecon/at/sorbonne-universite.fr
| Session |
du 10/03/2025
au 13/03/2025 |
|---|
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