Physiologie Intégrative des Microorganismes

PUBLIC VISÉ

Ingénieures et ingénieurs, techniciennes et techniciens, doctorantes et doctorants souhaitant s’initier aux approches de la génomique, de la transformation des microorganismes de l’environnement, et de la caractérisation des métabolites de communication qu’ils produisent.

PRÉ-REQUIS

Un niveau Master 1 (ou une expérience professionnelle équivalente) en biologie / microbiologie est recommandée.

NB : Cette formation est intégrée au Master Biologie Moléculaire et Cellulaire (BMC) Parcours Microbiologie. Destinée prioritairement aux étudiants, quelques places sont ouvertes aux professionnels dans le cadre de la formation continue (4 places).

Raphaël Lami

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PROGRAMME

• Outils de transformation chez les microorganismes eucaryotes et procaryotes.
• Cultures en chémostats.
• Annotation de génome, notions de génomique fonctionnelle.
• Approches cellulaires de la physiologie microbienne.
• Approches pratiques – quorum sensing bactérien (initiation au dosage des métabolites de la communication microbienne : UHPLC-HRMS/MS).
• Importance des modèles microbiens environnementaux

CONTENUS

Après avoir exposé les différents intérêts d’étudier des modèles microbiens environnementaux, nous présenterons les techniques de transformation, inactivation de gènes, expression de gènes en continu ainsi que les approches de transcriptomique et de protéomique. Ces techniques seront illustrées par différentes études à visées biotechnologiques (e.g., production de protéines recombinantes), écophysiologiques (e.g., réponse aux variations des paramètres environnementaux) ou de bioremédiation (e.g. dégradation des hydrocarbures). En deuxième partie de cet enseignement, nous aborderons les mécanismes de la communication cellulaire (quorum sensing) et les voies de signalisation chez les microorganismes qui sont au cœur de nombreuses problématiques de recherche en biologie cellulaire et dans les sciences de l’environnement et possèdent de nombreux prolongements biotechnologiques : régulation des fonctions physiologiques, régulation des populations de microorganismes eucaryotes et bactériennes dans l’environnement et dans les biofilms. Cet enseignement s’accompagne de différents travaux pratiques au cours desquels les participantes et les participants seront familiarisés aux principales approches de génomique fonctionnelle. La réalisation de mini-projets scientifique au cours du stage favorise l’implication et la motivation, avec une séance collective de restitution en fin d’enseignement.