Biosciences

UMR S 1166, Equipe 1 « Génomique et physiopathologie des maladies cardiovasculaires »
Sorbonne Université

Missions

Responsable du stage :

  • De Mendel au séquençage à haut débit : évolution des études et technologies en génétique humaine

Intervention dans le stage :

  • Formation Théorique en biologie moléculaire : de la remise au niveau au perfectionnement (FTBM)

Techniques maîtrisées :

  • Biologie moléculaire : Extraction, dosage, amplification (ADN/ARN ); Génotypage (puce à ADN, TaqMan …), puces d’expression, séquençage …

·              Analyses statistiques : Etudes génomiques (Liaison, association, expression) et haplotypiques

  • Langages de programmation : R, Langage Shell (UNIX et LINUX), Notion en CamL
  • Logiciels d’analyses : GenHunter, fbat, Linkage, Arlequin, PLINK, Thésias, POLYPHRED
  • Bases de données : NCBI, HapMap, ENSEMBL, 1000 Genome, Polyphen, SWIFT

Laboratoire et thème de recherche actuel :

  • UMR S 1166, Equipe 1 « Génomique et physiopathologie des maladies cardiovasculaires », Université Pierre et Marie Curie

Dernières publications

  • Esslinger U, Garnier S, Korniat A, Proust C, Kararigas G, Müller-Nurasyid M, Empana JP, Morley MP, Perret C, Stark K, Bick AG, Prasad SK, Kriebel J, Li J, Tiret L, Strauch K, O’Regan DP, Marguiles KB, Seidman JG, Boutouyrie P, Lacolley P, Jouven X, Hengstenberg C, Komajda M, Hakonarson H, Isnard R, Arbustini E, Grallert H, Cook SA, Seidman CE, Regitz-Zagrosek V, Cappola TP, Charron P, Cambien F, Villard E. Exome-wide Association Study Reveals Novel Susceptibility Genes to Sporadic Dilated Cardiomyopathy. Plos One. 2017 Mar 15.
  • Garnier S, Hengstenberg C, Lamblin N, Dubourg O, Aumont M-C, De Groote P, Fauchier L, Trochu J-N, Gibelin P, Aupetit J-F, Arbustini E, Komajda M, Cook S, Isnard R, Villard E, Charron P. Involvement of BAG3 and HSPB7 loci in various etiologies of systolic heart failure : results of a European collaboration assembling more than 2000 patients. Int J Cardiol. 2015; 189:105-107. doi: 10.1016/j.ijcard.2015.04.003
  • Garnier S, Truong V, Brocheton J, Zeller T, Rovital M, Wild P.S, Ziegler A, The Cardiogenics Consortium, Munzel T, Tiret L, Blankenberg S, Deloukas P, Erdmann J, Hengstenberg C, Samani N.J, Schunkert H, Ouwehand W.H, Goodall A.H, Cambien F, Trégouët D.A Genome Wide Haplotype Analysis of Cis Expression Quantitative Trait Loci in Monocytes. PLoS Genet.2013;9(1):e1003240. Epub 2013 Jan 31.